2001年7月成立，是独墅湖科教创新区首家入驻院校，由中国科学技术大学与苏州市人民政府合作建设的高等科研教育机构，实行理事会领导下的院长负责制。研究院集人才培养、科学研究、成果孵化等功能于一体，注重与地方产业相结合，分别于2007年和2010年成立软件学院和纳米学院，开设计算机科学、软件工程、纳米技术等与园区主导产业匹配专业，全日制硕士研究生培养为主，学生规模超2000人。